四川省有机肥料产业发展促进会（简称本促进会）设会员代表大会、理事会、会长、副会长、秘书长，本促进会暂不设常务理事会。会员代表大会是最高权力机构，理事会是会员大会的执行机构，本促进会法定代表人由秘书长担任。本促进会内设秘书处和5个专委会，其主要职能分别是：

秘书处：负责制定本促进会的中长期发展规划和年度工作计划，负责处理理事会和各专委会的日常工作。秘书处全体专兼职工作人员，严格按照本促进会所赋予的工作职责各司其职、各尽其责。

（智库）专家委员会：按理事会和本委员会主任、副主任的工作安排，在秘书处的协助下为有意愿有需求的会员企业提供技术指导和咨询服务，为本促进会及会员企业提供智力和技术支撑。

标准委员会：按理事会和本委员会主任、副主任的工作安排，在秘书处的协助下为会员企业提供与有机类肥料息息相关的企业标准、团体标准、地方标准等标准体系建设中的调查研究、产品技术数据分析整理、选项立项、起草编制和审查发布过程中的专业技术指导和咨询服务，为本促进会及会员企业提供行业自律和标准体系建设专业技术支撑。

秸秆肥料化利用专委会：按理事会和本专委会主任、副主任的工作安排，在秘书处的协助下为会员企业提供农作物秸秆（植物源废弃物）收贮（处）运、发酵腐熟、配方加工、技术创新和科学施用等肥料化利用过程中的专业技术咨询服务，为本促进会及会员企业承接政府购买秸秆还田循环利用相关服务提供智力和技术支撑。

畜禽粪污肥料化利用专委会：按理事会和本专委会主任、副主任的工作安排，在秘书处的协助下为会员企业提供养殖畜禽粪污无害化处理和肥料化利用过程中的专业技术咨询服务，为本促进会及会员企业承接政府购买粪肥还田循环利用相关服务提供智力和技术支撑。

检测技术服务专委会：按理事会和本专委会主任、副主任的工作安排，在秘书处的协助下为会员企业提供有机类肥料从原料到产品到施用全过程的检验检测技术咨询服务，为本促进会及会员企业提供检验检测资源和技术支撑。